Ngày 16 tháng 1 năm 1946, Novikov đệ trình lên Stalin một bản kế hoạch đặt nền móng cho lực lượng không quân Xô viết hiện đại và ngành công nghiệp hỗ trợ cho lực lượng này. Tuy nhiên, vào ngày 22 tháng 4 năm 1946, trước khi bản kế hoạch được xem xét, Novikov bị tước quân hàm và sau đó bị bắt.[7] Lý do của việc này là tại hội nghị Potsdam, người ta phát hiện ra rằng Hoa Kỳ có máy bay do thám tốt hơn Liên Xô.[6] Ông bị Lavrentiy Beria thẩm vấn và tra tấn nhiều lần trong khoảng thời gian từ ngày 4 tháng 5 đến ngày 8 tháng 5 năm 1946, trước khi bị buộc phải đọc lời thú tội với Bộ Chính trị có liên quan đến Zhukov. Novikov đã bị Tòa án Quân sự xét xử và bị kết án 5 cải tạo trong trại lao động.[9]

Sau cái chết của Stalin, Novikov được trả tự do vào ngày 29 tháng 6 năm 1953, sau 6 năm bị đày ải. Ông được phục hồi cấp bậc Chánh nguyên soái Không quân, cũng như chức vụ lãnh đạo Không quân, một lần nữa giúp nơi ông có thể áp dụng các ý tưởng của mình vào thực tế. Novikov đã đưa ra một kế hoạch sử dụng máy bay phản lực và vũ khí hạt nhân mới có sẵn để tiến hành một cuộc chiến có thể xảy ra trong tương lai với Hoa Kỳ và trình bày với lãnh đọa Liên Xô bấy giờ, Nikita Khrushchev, người sau đó đã từ chối đề xuất này để ủng hộ tên lửa đạn đạo.[5]

Sau khi nghỉ hưu vào năm 1958, Novikov nhận lời đề nghị trở thành người đứng đầu Trường Hàng không Dân dụng Cao cấp ở Leningrad, nơi ông đã làm việc trong mười năm. Ông trở thành giáo sư và được trao tặng Huân chương Cờ đỏ năm 1961.

Khi nghỉ hưu, Novikov đã viết một số tác phẩm về hàng không và chiến tranh, được sử dụng để đào tạo các phi công mới của lực lượng không quân Liên Xô. Ông qua đời ngày 3 tháng 12 năm 1976, thọ 76 tuổi.[5]